研究主題：共生細菌的演化與功能性基因體學

在微生物的演化上，一旦一個物種發展出對真核宿主的依存性，其基因體的結構經常會有大規模的變化。為了解與這些變化相關的演化過程和其基因內容之改變，本研究室利用基因體學及轉錄體學等工具進行不同細菌物種間的比較分析。近年之研究計畫包含兩個主要的生物系統：

(1) 柔膜細菌綱 (Mollicutes)

柔膜細菌綱為一群不具有細胞壁之宿主依存性細菌，包括植物菌質體 (‘Candidatus Phytoplasma’; 為一群農業上重要之植物病原)、黴漿菌(Mycoplasma; 脊椎動物病原)、及螺旋菌質體 (Spiroplasma; 大多為昆蟲共生菌，少數物種為植物病原) 等代表性物種。其中螺旋菌質體屬內物種可能與宿主進行片利共生、互利共生、或依賴程度不等的寄生，因此跨物種的比較將有助了解細菌在生態棲位間的轉換及致病性的演化。針對此生物系統，本研究室的短期目標為調查可解釋物種間表現型差異之遺傳機制，而長期目標則是累積足夠的基因體資料以進行完整的跨屬分析。

(2) 農桿菌屬 (Agrobacterium)

農桿菌屬為一群與植物相關的細菌，由於這群細菌在植物基因轉殖上的應用和其在田間對農作物所產生的危害，在生物科技和農業的發展上都具有相當的重要性。本研究室與所內賴爾珉老師合作，共同進行農桿菌屬內物種的研究，藉以探討此屬內不同小群菌株間的遺傳歧異度、基因體演化、及功能性分析。